深圳市坪山区疾病预防控制中心于2011年4月28日挂牌成立。2024年5月11日，区疾病预防控制中心、区卫生监督所整合，重新组建区疾病预防控制中心，保留区卫生监督所牌子，继续加挂区慢性病防治中心、区精神卫生中心牌子，为深圳市坪山区卫生健康局直属全额拨款事业单位。整体划入原区疾病预防控制中心和区卫生监督所职责，在现有职责基础上，进一步加强辖区疫情信息收集与上报、流行病学调查、隔离防控等职责，统一承担公共卫生、医疗卫生等监督执法工作，强化对医疗机构传染病防控工作的巡查监督职责。