企业自主申报“综合查一次”的具体流程如下：每年3月31日前，区应急管理局根据各相关监管单位的执法计划，确定符合自主申报“综合查一次”的企业名单，并向符合条件的相关企业发送“致企业的一封信”，告知企业可自主申报“综合查一次”的方式及需配合事项。企业根据自身生产经营安排，在不影响企业正常生产的情况下，在6月30日前填写“综合查一次”自主申报表，通过邮箱或街道应急办等方式向区应急管理局申报“综合查一次”具体检查时间。区应急管理局根据企业自主申报情况，协调相关执法单位，配合企业自主申报时间开展行政执法“综合查一次”。